Was passiert mit schon eingegebenen Noten bei einem erneuten Lerngruppen-Gesamtimport [ID 822]

... bspw. während eines aktiven Zeitraums der Kopfnoten-Eingabe?

Nichts! - Die Noten werden in den Kursmappen in "mein Unterricht" gespeichert. Dort können diese auch gespeichert werden, wenn der Lerngruppen-Bezug der Kursmappe verloren gegangen ist. 

Prinzipiell sollten aber vor solchen entscheidenden Phasen die Lerngruppen "stabil" und aktuell sein.